Χλωρίδα και πανίδα
Η Σαμοθράκη διαθέτει πλούσια χλωρίδα και πανίδα η οποία οφείλεται τόσο στην γεωγραφική της θέση, όσο και στην ορεινή της διαμόρφωση.
Χλωρίδα της Σαμοθράκης
Το νησί χαρακτηρίζεται από πυκνή βλάστηση , πολλά δάση και πολλές πηγές νερού. Στο βόρειο τμήμα του κυριαρχούν τα πλατάνια, οι ελιές, οι βελανιδιές, οι καστανιές, τα σφενδάμια και τα θαμνόκεδρα. Μεγάλες εκτάσεις του νησιού καλύπτονται από πλατάνια τα οποία πολλές φορές φτάνουν και μέχρι την θάλασσα. Στη Σαμοθράκη θα συναντήσετε επίσης και κάποια σπάνια δέντρα, όχι μόνο στην Ελλάδα αλλά και σε όλη τη Μεσόγειο, όπως ο Ίταμος και η Κελτίδα. Στο νότιο τμήμα του νησιού συναντάμε κυρίως ελαιώνες και έναν κάμπο αγροτικής γης.
Οι θάμνοι που ευδοκιμούν στο νησί είναι οι τσικουδιές, οι κουμαριές, τα σχίνα, οι μυρτιές, οι αγριοτριανταφυλιές, οι αγριοκληματαριές, οι αγριογκορτσιές, τα σπαρτά και τα ρείκια. Μεγάλη έκταση καταλαμβάνουν κυρίως οι θαμνότοποι από μυρτίες ,κουμαριές και φυλλίκια. Επίσης σπάνια είδη κάκτων συναντώνται στη διαδρομή προς το Λάκκωμα. Ακόμα , μεγάλη έκταση καταλαμβάνουν τα δάση με τις αιωνόβιες βελανιδιές με κυρίαρχα τα είδη Quercus frainetto, Quercus pubescens και Quercus dalechambii. Φυσικό πευκοδάσος υπάρχει στην περιοχή των Κήπων και τεχνητό πευκοδάσος γύρω από τη Χώρα Σαμοθράκης.
Σε μόνο τρία νησιά της Ελλάδας, την Σαμοθράκη, την Θάσο και την Εύβοια, συναντώνται τα καταπράσινα δέντρα με τους κατακόκκινους καρπούς τους, οι λεγόμενοι ίταμοι taxus baccata. Ζουν πάρα πολλά χρόνια κρυμμένοι στις ρεματιές και δείχνουν δυναμικά το παρόν τους στο σαμοθρακίτικο τοπίο. Επίσης, σε απρόσιτες πλαγίες του νησιού κυριαρχούν τα κέδρα Juniperus excelsa, Jupinerus foetidissima. Τέλος, Βουνοκυπάρισσα (Juniperus foetidissima) και Αγριοκυπάρισσα (Juniperus excelsa) δεσπόζουν διάσπαρτα σε διάφορα υψόμετρα.
Πολύ σημαντικά για την χλωρίδα του νησιού είναι τα λιβάδια που απλώνονται πάνω από τα 1300 μέτρα υψόμετρο. Το μεγάλο ύψος το νησιού είχε σαν αποτέλεσμα την δημιουργία 8 ενδημικών φυτών, δηλαδή φυτών που ευδοκιμούν μόνο στη Σαμοθράκη, με γνωστότερο την Scrophullaria spinulescens, είδος που φυτρώνει στη φύση χωρίς ανθρώπινες παρεμβάσεις σε υψόμετρο 800-1600 μέτρα. Γενικότερα, στο νησί υπάρχουν περίπου 1000 είδη χλωρίδας από τα οποία 20 είναι σπάνια και 14 είναι ενδημικά.
Πανίδα της Σαμοθράκης
Το φθινόπωρο και την άνοιξη το νησί γίνεται καταφύγιο αποδημητικών πτηνών τα οποία σταματάνε για να τραφούν και να ξεκουραστούν πριν συνεχίσουν το μεγάλο τους ταξίδι. Εδώ συναντώνται μεταναστευτικά και σπάνια γεράκια οι μαυροπετρίτες (οι οποίοι φωλιάζουν στη νότια πλευρά του νησιού) , αρπακτικά πουλιά (γεράκι , χρυσαετός) , λευκοπελαργοί και πολλά μικρόπουλα. Οι ποικιλία των πτηνών που διέρχονται έστω και περιστασιακά από το νησί είναι συνέπεια του γεγονότος ότι η Σαμοθράκη αποτελεί έναν σημαντικό βιότοπο κατάλληλο για το φώλιασμα και την τροφή πολλών ζώων.
Η τεράστια ποικιλία σε θαλάσσια είδη και ψάρια (πάνω από 4000) και οι πολλές σπηλιές που υπάρχουν στο νησί αποτελούν πόλο έλξης για τις φώκιες monachous-monachous και τις θαλάσσιες χελώνες caretta-caretta που αποζητούν καταφύγιο. Εξάλλου οι θαλάσσιοι βιότοποι γύρω από το νησί είναι από τους σημαντικότερους και πλουσιότερους σε όλη την Ελλάδα.Τέλος, στο νησί συναντάτε το σπάνιο είδος πλέον ελληνικού αγριοκάτσικου που ανήκει σε συγγενική οικογένεια με το κρητικό κρι-κρι. Λιβελούλες, φίδια και διαφόρων ειδών έντομα αποτελούν κι αυτά μέρος της πανίδας του νησιού.