Νερά και πηγές

Αν μη τι άλλο η Σαμοθράκη είναι ένα νησί που το νερό τρέχει άφθονο και γάργαρο. Το υγρό επιφανειακό στοιχείο καταλαμβάνει περίπου το 3%  της συνολικής έκτασης του νησιού. Κατά τον χειμώνα τα νερά τρέχουν ορμητικά και άγρια, ενώ το καλοκαίρι πιο ήπια και ήρεμα.

Δεν είναι τυχαίο ότι ο πιο φημισμένος προορισμός κάθε επισκέπτη είναι οι λεγόμενες Βάθρες, φυσικές πισίνες μέσα στα βράχια ,που σχηματίζονται από την πτώση των καταρρακτών. Σε άλλες από αυτές μπορείς να φτάσεις εύκολα και γρήγορα και άλλες απαιτούν κόπο και χρόνο, αλλά το αποτέλεσμα είναι εκθαμβωτικό. Φημισμένες βάθρες είναι αυτές του ποταμού Τσιβδογιάννη, κοντά στα Θερμά, από όπου ξεκινάει και η ανάβαση στο όρος Φεγγάρι. Το μεγαλύτερο ρέμα του νησιού είναι ο Φονιάς με τον υψηλότερο καταρράκτη του (Κλείδωση)  να φτάνει τα 35 μέτρα. Άλλοι καταρράκτες εξίσου εντυπωσιακοί είναι αυτοί της Καρυάς , της Κακιάς πλάκας , ο Κρεμαστός , το Γυάλι , ο Άγκιστρος , του Ξηροποτάμου, του Καραγιαννάκη, της Πλατιάς και του Αράπη.

Κατά μήκος των ακτών του νησιού σχηματίζονται πολλοί παράκτιοι εποχιακοί υγρότοποι που αποτελούν σταθμούς των μεταναστευτικών πτηνών όπως οι πελαργοί Coconia ciconia, σταχτοτσικνιάδες Ardea cinerea, καλαμοκανάδες Himantopus himantopus, στρειδοφάγοι Haematopus ostralegus και πολλά άλλα είδη. Την χειμερινή περίοδο οι υγρότοποι φιλοξενούν αφρόπαπιες, βουτόπαπιες, νερόκοτες, βουβόκυκνους και φαλαρίδες.

Χαρακτηριστικός υγρότοπος είναι η Βδελολίμνη του Φονιά που καλύπτεται κατά το μεγαλύτερο μέρος της από δάσος σκλήθρου  Alnus  glutinosa, το οποίο σπάνια συναντάει κανείς στα νησιά του Αιγαίου. Άλλη μια φυσική λίμνη του νησιού που παρουσιάζει ενδιαφέρον είναι αυτή του Άγιου Ανδρέα κοντά στην Καμαριώτισσα στην οποία μπορείς να παρατηρήσεις διάφορα είδη πουλιών.